Năm 409, Lý Tế, một người tham gia vào vụ đảo chính đưa Cao Vân lên ngôi, bất mãn vì không được trọng dụng, bèn làm binh biến cùng tướng cầm đầu vệ sĩ của Cao Vân là Cầm Ban và Đào Nhân. Cao Vân bị phản quân giết chết, không rõ năm đó ông bao nhiêu tuổi.

Tướng Phùng Bạt mang quân dẹp loạn, giết chết Lý Tế, Cầm Ban và Đào Nhân rồi tự xưng làm vua, tức là vua Bắc Yên Văn Thành Đế.

Cao Vân là nhân vật chuyển tiếp giữa Hậu Yên và Bắc Yên. Nhiều tài liệu vẫn coi ông là người mở đầu cho nước Bắc Yên[1][5][6], số ít tài liệu khác căn cứ vào họ Mộ Dung mà ông nhận từ Mộ Dung Bảo để coi ông là vua kế tục Hậu Yên[7].